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1. CellFishing.jlを試してみる(2nd)

   Githubのmasterブランチが修正されたとのことなので、 前回と同様にコマンドラインインターフェースと対話環境でCellFishing.jlにトライしてみました。

   コマンドラインインターフェースでPlass2018.dge.loomをCellFishin.jlする

   先ずは公式のREADMEと同様に Plass2018.dge.loomをもう一度CellFishing.jlします。

   $ ./bin/cellfishing build Plass2018.dge.loom
   Build a search database from Plass2018.dge.loom.
     Loading data ―――――――――――― 14 seconds, 149 milliseconds
     Selecting features ―――――― 966 milliseconds
     Creating a database ―――――  ** On entry to SLASCLS parameter number  4 had an …

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2. CellFishing.jlを試してみる

   CellFishing.jlを試してみる

   高速に大量の細胞の類似度を解析するツールのCellFishing.jlを試してみました。

   CellFishing.jlはJuliaで動くツールなのですが、Juliaを使うのも初めてのため、実行環境からたどたどしく設定していきます。

   MacにJuliaの環境を作る

   macOS Sierraだとbrew installでjuliaをインストールできる

   brew cask install Caskroom/cask/julia
   

   $ juliaで対話環境がスタートします。

   対話環境は

                  _
      _       _ _(_)_     |  Documentation: https://docs.julialang.org
     (_)     | (_) (_)    |
      _ _   _| |_  __ _   |  Type "?" for help, "]?" for Pkg help.
     | | | | | | |/ _ …

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